V téhle hře se váš charakter bude jmenovat Lucy Lightfoot. Je to dívka, která ráda sportuje a veze se s nejnovějšími modními trendy. Ale nenechte se zmást křehkým vzhledem - je to totiž tajná agentka! I když vypadá jako malá holčička, ve skutečnosti je velmi dobrou špionkou a je velice inteligentní. Hlavně v řešení problémů a hádanek...
Lucy tajně pracuje pod velením profesora P, který je vrchním tajným velitelem SOL (Secret Operation League). Přes jeho velké sebevědomí je však profesor P velmi dobrý vynálezce a věděc.
Jak už jméno organizace napovídá, SOL je tajná ligová skupina a je symbolizována Pokémonem Solrockem. Váš cíl v této hře je zachránit všechny Pokémony, kteří byli ukradeni ďábelským týmem, který si říká Phoboská Armáda - a mají ve znaku Lunatona.
Hru začínáte se dvěma Pokémony - Aipomem a Manectricem, a ještě jste vybaveni "torouze beamer" věcičkou (opravdu mě nenapadá vhodný překlad do češtiny). Poté, co se vloupáte do hangáru a letadla Phoboské Armády, naskenujete ukradené Pokébally rentgenem vašeho "beameru". "Beamer" přenese vždy čtyři stejné Pokémony (později dva nebo tři) na ústředí SOL k profesoru P, a to je celá podstata hry - proto musíte skládat vždy čtyři hlavičky dohromady.